Une faute commise dans l'exercice des fonctions peut justifier une procédure disciplinaire par l'administration et des poursuites pénales. En effet, les mêmes faits peuvent constituer à la fois une faute professionnelle et une infraction pénale.

En outre, lorsqu'un agent est pénalement poursuivi pour des faits sans lien avec le service, l'administration peut aussi décider d'engager une procédure disciplinaire à son encontre si ces faits :

• sont incompatibles avec l'exercice d'une fonction publique,
• portent atteinte à la réputation de l'administration,
• représentent un manquement grave à la probité, propre à altérer la confiance dans l'action publique, etc.

Toutefois, la procédure disciplinaire et la procédure pénale sont indépendantes. C'est-à-dire que l'issue de la procédure pénale ne lie pas l'autorité administrative qui peut décider d'engager, ou non, une procédure disciplinaire à l'encontre de l'agent. Cela vaut quelle que soit la décision du juge pénal : condamnation, non-lieu, relaxe, acquittement, mise hors de cause.

Réciproquement, la décision de l'administration de sanctionner ou non un agent n'implique pas automatiquement qu'il sera condamné ou mis hors de cause par le juge pénal.

Cependant, la procédure disciplinaire et l'action publique interagissent dans leur déroulement.

En effet, lorsque l'administration a connaissance de faits passibles de sanction, elle doit engager la procédure disciplinaire dans les 3 ans suivant le jour où elle en a eu connaissance. Passé ce délai, les faits en cause sont prescrits. Ils ne peuvent plus faire l'objet d'une procédure disciplinaire. Or, lorsque l'agent fait l'objet de poursuites pénales, ce délai de 3 ans est interrompu jusqu'à la décision définitive de classement sans suite, de non-lieu, d'acquittement, de relaxe ou de condamnation.

Par ailleurs, selon la gravité et les circonstances de la faute, l'administration peut décider de suspendre l'agent de ses fonctions. Cette mesure est limitée à 4 mois. La situation de l'agent doit être définitivement réglée à la fin des 4 mois. C'est-à-dire que l'administration doit avoir saisi le conseil de discipline et décidé d'une sanction. Sinon, l'agent est obligatoirement rétabli dans ses fonctions (quelle que soit la gravité des faits et même si la procédure disciplinaire reste en cours).

Mais là aussi, lorsque l'agent fait l'objet de poursuites pénales, la situation diffère. Si les mesures décidées par l'autorité judiciaire et l'intérêt du service n'y font pas obstacle, l'agent peut être rétabli dans ses fonctions ou, sur décision motivée de l'autorité administrative :

• affecté provisoirement dans un emploi compatible avec les obligations du contrôle judiciaire auquel il est éventuellement soumis,
• ou détaché d'office, à titre provisoire, dans un autre corps ou cadre d'emplois pour occuper un emploi compatible avec les obligations du contrôle judiciaire.

L'affectation ou le détachement provisoire prend fin :

• lorsque la situation du fonctionnaire est définitivement réglée par l'administration (c'est-à-dire qu'elle a pris la décision de le sanctionner ou non),
• ou lorsque l'évolution des poursuites pénales rend impossible sa prolongation (mise en détention provisoire, notamment).

Le magistrat ayant ordonné le contrôle judiciaire, le procureur de la République et la CAP ou la CCP dont relève l'agent sont informés des mesures prises à son égard.

Lorsque le fonctionnaire ne peut pas, ou plus, être rétabli ou maintenu dans ses fonctions, affecté ou détaché provisoirement dans un autre emploi, l'administration peut réduire sa rémunération. Cette retenue de rémunération peut être au maximum de 50 %. Toutefois, le supplément familial de traitement (SFT) continue d'être versé en intégralité.

En cas de non-lieu, relaxe, acquittement ou mise hors de cause, l'agent est rétabli dans ses fonctions. L'administration établit un procès-verbal indiquant la date de rétablissement. Si l'agent le souhaite, l'administration porte, dans le mois suivant son établissement, ce procès-verbal à la connaissance :

• des autres agents,
• et des usagers, lorsque l'agent mis en cause occupe un emploi en contact avec le public.

L'agent est radié des cadres sans que la procédure disciplinaire soit requise, lorsqu'il fait l'objet d’une condamnation entraînant :

• la déchéance des droits civiques
• ou l'interdiction d'exercer un emploi public,
• ou la perte de la nationalité française.

Toutefois, il peut demander sa réintégration à l'autorité administrative :

• à la fin de la période de privation des droits civiques,
• ou à la fin de la période d'interdiction d'exercer un emploi public,
• ou en cas de réintégration dans la nationalité française.

Cette demande de réintégration est soumise à l'avis de la CAP. L'administration n'est pas tenue d'y répondre favorablement.